⏱️ 30秒でわかる要点
- 個人の事業譲渡は「譲渡所得」として扱われるのが一般的。資産の内訳で課税が変わる
- 消費税は事業譲渡の対価が課税対象になり得る。土地・建物は別の扱い
- 法人は法人税、株主への分配は配当。役員退職金は損金算入の要件がある
- 結論は個別事情で変わる。試算は税理士に依頼するのが前提
医院の売却・承継では、誰が売るか（個人か法人か）と何を売るか（事業か資産か株式か）で税金が変わります。本記事は、税理士に相談する前に整理しておきたい論点をまとめたものです。個別の税額は必ず税理士にご確認ください。
1. まず「誰が・何を」を整理する
| 売り手 | 売るもの | 主な課税 |
|---|---|---|
| 個人（開業医） | 事業（設備・患者・のれん等） | 事業所得／譲渡所得 |
| 個人 | 土地・建物 | 譲渡所得（不動産） |
| 法人（医療法人） | 事業 | 法人税 |
| 法人 | 株式（持分） | 株主に譲渡所得・配当 |
「医院を売る」と言っても、事業を売るのか、株式を売るのかで手取りが大きく変わります。
2. 個人：事業譲渡の譲渡所得
- 事業用資産の譲渡は、原則として譲渡所得として計算される（資産ごとに区分）
- 取得価額・必要経費（売却費用）を差し引いた金額が対象
- 土地・建物、機器、のれん（営業権）で課税の扱いが異なる
- 廃業する場合は廃業届と最終申告が必要
「売上×◯か月」ではなく、資産の内訳を作ることが税務の出発点です。
3. 消費税
- 事業譲渡の対価は、課税取引として扱われるのが一般的
- 土地の譲渡は非課税、建物は課税（消費税の対象）
- 譲渡の時期と、課税事業者か免税事業者かで扱いが変わる
「事業ごと売るから非課税」とは限りません。内訳の作り方で税負担が変わるため、契約書の記載が重要です。
4. 法人：法人税と役員退職金
- 法人が事業を譲渡した場合、法人税の対象になる
- 役員退職金は、功績倍率・支給額の相当性が問われ、不相当な部分は損金算入できない
- 清算する場合は、残余財産の分配でみなし配当が生じることがある
5. 法人化のタイミング
- 承継前に法人化すると、事業譲渡の主体が変わる
- 医療法人の持分譲渡は、社員総会・定款変更・認可など手続きが重い
- 個人のまま承継する方が税務上の選択肢が多い場合もある
「法人の方が安心」と一律には言えません。承継の形が決まってから法人化を検討するのが安全です。
6. 税理士に相談する前に用意するもの
- 直近3年分の決算書・確定申告書
- 固定資産台帳（取得価額・減価償却の状況）
- リース契約書（残債・解約条件）
- 借入の残高と保証の状況
- 承継の希望条件（対価・時期・引継ぎ期間）
7. よくある誤解
「売却益は非課税」——資産の譲渡は課税対象です。内訳で扱いが変わります。
「事業譲渡なら消費税はかからない」——対価は課税取引として扱われるのが一般的です。
「役員退職金は自由に決められる」——相当性を超えた部分は損金になりません。
「法人化すれば税負担が減る」——承継の形によって逆効果になることがあります。
8. 相談先
- 税務全般：税理士（医療業に知見のある事務所が望ましい）
- 契約・法務：弁護士、司法書士
- 制度の確認：国税庁のタックスアンサー、所轄税務署
主な出典（一次情報）
- 国税庁「事業を廃止したときの届出」「譲渡所得の計算」
- 国税庁「役員退職給与の損金算入」
- 中小企業庁「事業承継ガイドライン」
税目は3つに分かれる
| 税目 | 発生する場面 | ポイント |
|---|---|---|
| 贈与税 | 生前に子・親族へ承継する場合 | 暦年贈与・相続時精算課税の選択 |
| 相続税 | 相続で承継する場合 | 評価額（事業用資産の評価）が論点 |
| 譲渡所得 | 第三者へ事業を譲渡する場合 | 資産の内訳で課税が変わる（既述） |
「誰に・いつ・何を移すか」で税目が変わります。親族内承継と第三者承継では、検討する税制が異なります。
よくある質問
医院を売却したときの税金はどのくらいですか？
一律の税率はありません。誰が（個人か法人か）、何を（事業か株式か資産か）売るかで課税関係が変わります。資産の内訳と取得価額を整理したうえで、税理士に試算を依頼してください。
事業譲渡に消費税はかかりますか？
事業譲渡の対価は課税取引として扱われるのが一般的です。土地は非課税、建物は課税など、内訳によって扱いが変わるため、契約書の記載が重要になります。
法人化してから承継した方が有利ですか？
一概には言えません。法人化すると譲渡の主体が変わり、医療法人の持分譲渡は手続きも重くなります。承継の形が決まってから検討するのが安全です。
事業承継税制は医院でも使えますか？
事業承継税制（特例措置）は、非上場株式等の贈与・相続に係る納税猶予の制度で、対象は会社の株式です。個人事業の医院や医療法人には、原則として適用されません（医療法人には株式がないため）。法人化や組織再編の予定がある場合は、早い段階で税理士にご相談ください。
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この記事の作成・監修・運営
運営：株式会社サポートスタイル（代表取締役 藤代 浩章）
有料職業紹介事業許可番号 12-ユ-300367（厚生労働大臣許可）
医学監修：医師（内科）
作成：医師紹介の実務に従事する担当者／情報発信の責任者：代表取締役 藤代 浩章
※医学・健康に関する記述は監修医師が確認しています。個別の税務・法務・人事の判断は行いません。
